Organem prowadzącym II Liceum Ogólnokształcące im. Marii Konopnickiej w Zamościu jest Miasto Zamość. Nadzór pedagogiczny nad szkołą sprawuje Lubelski Kurator Oświaty. Szkoła posiada swój sztandar, logo oraz hymn.
Sztandar szkoły jest prezentowany przez Poczet Sztandarowy w trakcie uroczystości państwowych, obchodów świąt narodowych, uroczystości szkolnych oraz innych ważnych wydarzeń z życia społeczności szkolnej.
Szkoła realizuje cele i zadania określone w ustawie o systemie oświaty oraz w przepisach wydanych na jej podstawie przyjmując, że oświata Rzeczypospolitej Polskiej stanowi wspólne dobro całego społeczeństwa.